Berikut adalah struktur organisasi Dinas Komunikasi, Informatika, Statistik, dan Persandian Kabupaten Rote Ndao berdasarkan Peraturan Bupati Nomor 6 Tahun 2023 tentang Perubahan Atas Peraturan Bupati Nomor 63 Tahun 2021 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Dinas Daerah:

- Kepala Dinas
- Bertanggung jawab atas seluruh kegiatan dan pengelolaan Dinas.
- Melaksanakan koordinasi, pengawasan, dan evaluasi terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi Dinas.
- Sekretariat Dinas
- Membantu Kepala Dinas dalam koordinasi, administrasi, dan pelaksanaan tugas-tugas Dinas.
- Menyelenggarakan kegiatan administrasi, keuangan, kepegawaian, serta dokumentasi Dinas.
- Bidang Komunikasi dan Informatika
- Koordinator Substansi Pelayanan Informasi
- Koordinator Substansi Jaringan Komunikasi dan Kemitraan Media
- Koordinator Substansi Peliputan dan Komunikasi
- Koordinator Substansi Teknologi dan Informasi
- Koordinator Substansi Pengendalian Telekomunikasi dan Informatika
- Bidang Statistik
- Koordinator Substansi Statistik Sosial
- Koordinator Substansi Statistik Produksi
- Koordinator Substansi Statistik Distribusi
- Bidang Persandian
- Koordinator Substansi Pengamanan Informasi
- Koordinator Substansi Hubungan Komunikasi Sandi
- Koordinator Substansi Pembinaan Persandian
- Bidang Keuangan dan Aset
- Koordinator Substansi Keuangan dan Aset
- Bidang Perencanaan, Evaluasi, dan Pelaporan
- Koordinator Substansi Perencanaan, Evaluasi, dan Pelaporan
Setiap sub koordinator dalam masing-masing bidang bertugas membantu koordinator (sekretaris/kepala bidang) dalam penyusunan rencana, pelaksanaan dan pengendalian, pemantauan dan evaluasi, serta pelaporan pada kelompok substansi yang relevan dengan tugas dan fungsinya.
Struktur organisasi ini memberikan pengelompokan tugas dan tanggung jawab yang jelas sesuai dengan keahlian dan kebutuhan di bidang komunikasi, informatika, statistik, dan persandian. Dengan adanya sub koordinator, diharapkan dapat tercipta koordinasi yang baik dalam penyelenggaraan tugas dan fungsi Dinas Komunikasi, Informatika, Statistik, dan Persandian Kabupaten Rote Ndao.